最初测年结果被定在九万五到一万二千年之前，这些结果意味着佛罗勒斯人在佛罗勒斯生存的时间晚于现代人离开东南亚群岛并抵达澳大利亚的时间。在佛罗勒斯地区，现代人和佛罗勒斯人有三四万年的重合时间自然让人困惑，并对之前更新世晚期澳大利亚和其他东南亚岛屿的现代人证据提出了挑战。而佛罗勒斯地区最早的现代人类的证据也来自梁布亚，且年代限制在一万一千年。不过，在梁布亚进一步的发掘和研究澄清了这个年代学的问题。
基于最新的序列和年代学证据，现在佛罗勒斯人骨骼被认为在100,000 到 60,000年之前，和他们对应的石器测年为190,000和50,000年前。地层学序列上，佛罗勒斯相关沉积层的年代为46，000年前。在佛罗勒斯人最早被发现的地区，其基岩是侵蚀表面并且向北部倾斜下降。在基层之上是年代晚于20,000年的沉积——就是这些沉积造成了先前年代的错误。经过校对的年代包括对三个个体骨骼的放射性铀测年。相关测年说明沉积的最小年代范围是86.9 ± 7.9 到 71.5 ± 4.3 ka (LB1), 71.4 ± 1.1 到 66.7 ± 0.8 ka (LB2)和 66.0 ± 4.3 到 54.6 ± 2.1 ka (LB6)。 所有和佛罗勒斯相关的骨骼和文化遗物的年代都在60,000到50,000年前，这一测年结果综合了热释光等多种测年方法。另外，可信的证据表明，现代人出现于佛罗勒斯地区的年代在41，000 年前，甚至可能早到46,000年前。
作为佛罗勒斯人的典型遗址，梁布亚对佛罗勒斯人的消失时间和原因的相关理论的检测至关重要。但对50,000到20,000年前的沉积的发掘很有限。2017年，在洞穴中部的新发掘专门针对的问题是：相关大型动物群的存活年代是否晚于50,000年前？之所以选择这个区域发掘，是因为之前的试掘表明这些沉积的年代在50,000到20,000年前，并且发现了超过3,000件在原址保留的遗物和47,000件过筛发现的遗物，这些发现还需进一步鉴定分析。到目前为止还没有确定的佛罗勒斯人和大型动物骨骼发现，相反的是，所有发现的遗存都是小型动物，多是老鼠和蝙蝠。这表明这里的佛罗勒斯人和其他大型动物可能在50,000年前已灭绝，但这也需要对佛罗勒斯其他地区的进一步研究。如果在佛罗勒斯其他地方，这些动物群在距今50,000年以后还存在，很可能在他们最终灭绝之前都没有再返回梁布亚。相反的，我们目前发现的遗存和石制品的特征都表明其与现代人间的相关性。所有的证据表明，虽然直到全新世早期现代人类分布于梁布亚的人口密度都很低，但在此地的最早出现年代在46,000年前。在佛罗勒斯地区的考古发掘中，佛罗勒斯人在50,000年之后是否还存在仍然是需要进一步解决的问题。
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