图书馆 

　　图书馆成立于1953年，伴随研究所六十多年的峥嵘岁月，逐渐发展为收藏系统、内容丰富、文献类型多样且具有鲜明地层古生物学专业特色的专业图书馆。图书馆目前拥有馆舍面积2033平方米，收藏古生物学与地层学专业图书期刊约28 万册（期） ，包括外文期刊近2000 种，约22万册（期），另有地质、地形图件约5000幅。是亚洲最大、世界三大古生物学专业图书馆之一。近年来，图书馆对文献资源建设进行了适时调整，逐年加大对电子资源的投入，专业领域相关度较为密切的数据库基本采集到位，包括：Elsevier ScienceDirect，Wiley InterScience，SpringerLink，Science online，Nature online，Jstor，BioOne，GeoRef，GeoScienceWorld（GSW），中国知网（CNKI），维普网等。 

编辑出版 

　　《古生物学报》、《地层学杂志》、《微体古生物学报》、《Palaeoworld》、《Palaeoentomology》和《生物进化》等期刊编辑部均设于本所。其中前三种期刊是中国古生物学和地层学领域最具国际影响力的专业学术期刊；《Palaeoworld》是现代古生物学和地层学国家重点实验室主办并由Elsevier出版的国际学术刊物，2013年起正式成为SCI刊物；《Palaeoentomology》由国际古昆虫学会委托本所主办，新西兰Magnolia Press出版发行；《生物进化》是面向公众的古生物科普期刊。本所不定期连续出版物有《中国古生物志》(新甲种---中国的植物化石、新乙种-中国的无脊椎动物化石)、《Palaeontologia Cathayana》(英文版)、《中国科学院南京地质古生物研究所集刊》、《中国科学院南京地质古生物研究所丛刊》和《古植物学和孢粉学文集》等。 

标本收藏 

　　标本馆的前身是1928年成立的前中央研究院地质研究所的标本室，收藏了中国古生物学诞生之时起古生物学家百年来在中国和国外采集的古生物化石40万余件，其中已经研究、描述、图示并公开发表的各类模式标本16万余件，包含五十余个门类，已经成为世界上重要的化石标本收藏中心之一。标本馆在建设实物标本收藏、管理平台的同时，也建设了集存储功能、检索功能和资源共享功能的标本数据库综合信息服务系统。 

南京古生物博物馆 

　　南京古生物博物由中国科学院和江苏省人民政府共建，于2005年底建成并向社会正式开放，是目前世界上最大的无脊椎动物和植物化石收藏和展示中心之一。博物馆展区面积近4200平方米，展览以古生物化石为本，展品丰富精美，其中尤其以“澄江动物群”和“热河生物群”化石最为珍贵，堪称国宝级化石精品。博物馆每年接待游客近八万人次，并在出版科普图书、推出科普特展、举办高端论坛、开办科普讲座、开发科普产品、策划科普活动和完善展览设施等方面成绩斐然，影响日益增大，已成为江苏省和南京市最重要的科普教育场所之一。 

化石网 

　　本所主办的化石网是集化石发现、收藏、古生物与生物进化知识探讨等为一体的科学传播网站。化石网实时发布全球古生物化石类新闻，注重交互式学习体验，组织“全国化石爱好者大会”，为海内外化石爱好者提供顺畅的互动交流平台，已成为广为公众喜爱、具有深入影响力的科学传播网站。2009年被联合国“世界信息峰会”（由UNESCO和UNIDO组成）评为全球最佳5个科学传播网站之一，并获“世界信息峰会大奖”。