中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。 著名地质古生物学家、中国科学院副院长李四光教授为首任所长（兼），此后斯行健院士、赵金科院士、吴望始研究员、曹瑞骥研究员、穆西南研究员、沙金庚研究员、杨群、詹仁斌研究员先后任所长，现任所长王军研究员。
欢迎社会各界朋友、学术界同仁和古生物爱好者访问本所网站！ 本所拥有一大批专业人才，其中14位科学家先后当选为中国科学院院士，众多专家在国际学术组织中担任主席、副主席、选举委员和通讯委员等职。
古生物学与油气地层应用重点实验室
古植物学与孢粉学研究室
古无脊椎动物学研究室
微体古生物学研究室
新生代生物演化与环境研究室
澄江古生物研究站
周志炎院士
戎嘉余院士
陈旭院士
截至2022年12月，本所共有在编职工180人，中国科学院院士3人。研究所有6位学者获得国家自然科学基金委“杰出青年基金”资助，4位学者获得“优秀青年基金”资助，5位学者入选国家高层次人才计划。本所李四光、斯行健、赵金科、穆恩之、王钰、卢衍豪、李星学、顾知微、盛金章、周志炎、戎嘉余、金玉玕、陈旭和沈树忠等14位科学家先后当选为中国科学院院士。
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地层古生物大数据中心前身是南京古生物所自主知识产权的“地质生物多样性数据库（Geobiodiversity Database，简称GBDB）”。大数据中心在该数据库的基础上，继续收集、整理国内外公开发表（或内部资料）古生物学和地层学领域的资料与数据，并在数据的存储、共享、分析等方面与国内外的组织与机构开展交流与合作。大数据中心也部署并研发相关的数据分析软件，为地球科学领域的基础科学研究、油气矿藏的生产实践以及面向公众的科学传播而服务。
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