973项目“重大地史时期生物的起源、辐射、灭绝和复苏”（2000-2005） 

　　2000年4月，我国古生物学领域的首个国家重点基础研究发展计划（973计划）项目“重大地史时期生物的起源、辐射、灭绝和复苏”启动，南京古生物所戎嘉余担任该项目的首席科学家。 

　　项目以生物演化为主线，结合环境演变，由老到新，探讨了若干重要生物类群的起源、大规模适应辐射、灭绝、复苏的型式和特征，探索生物演化与环境变迁的关系，在生物演化理论的研究方面取得系列创新。 

　　通过该项目的实施，在国内外发表了一系列古生物学与地层学基础研究原创性成果，对提升我国相关学科研究水平并在国际领域占一席之地做出了重大贡献，造就了一批在国际舞台上崭露头角的学术带头人。 

　　973项目“地史时期海陆生物多样性演变”（2006-2010） 

　　2006年10月，我国古生物学领域的第二个国家重点基础研究发展计划（973计划）项目“地史时期海陆生物多样性演变”启动，给中国古生物学研究提供了强有力的持续支持。南京古生物所沈树忠担任该项目的首席科学家。 

　　项目在早期生物类群起源、寒武纪生命大爆发及其古生态、新元古代-寒武纪和古-中生代之交两个关键转折时期的一系列重大生物、地质和环境事件的系统比较、奥陶纪生物多样性及其时空分布、华南古生代植物多样性、脊椎动物重要类群的演化、晚古生代生物多样性与环境协同演化、热河生物群、新生代哺乳动物和人类起源等方面取得系列重要进展。 

　　973项目“从雪球事件到寒武纪大爆发：距今6亿年前后的生物与环境演变” （2013-2017） 

　　2013年2月，国家重点基础研究发展计划（973计划）项目“从雪球事件到寒武纪大爆发：距今6亿年前后的生物与环境演变”项目启动，南京古生物所朱茂炎担任该项目的首席科学家。 

　　项目针对距今6亿年前后发生的以“雪球事件”和“寒武纪大爆发”为代表的两个重大环境和生物事件，依据我国得天独厚的地层和古生物资源，开展多学科交叉综合研究，揭示了距今6亿年前后大气圈-水圈-生物圈发生的重大事件的性质和时间顺序，进而探讨了这一时期地球各层圈之间相互作用的规律，为揭示发生在该时期的生物快速演化与寒武纪大爆发之谜提供了重要科学依据，为人类了解未来地球-生命系统演变提供独特的借鉴实例。 

　　基金委重大项目“古生代海洋重大生物事件”（2013-2017） 

　　2012年12月，由南京古生物所、中国地质大学（武汉）、北京大学、中国科学院地质与地球物理研究所等共同承担的国家自然科学基金委重大项目“古生代海洋重大生物事件”正式启动。 

　　项目执行期间，项目组成员在Geobiodiversity Database（GBDB）数据库平台建设与深时生物多样性的大数据计算、古生代海水温度重建、奥陶纪末大灭绝后的复苏及辐射、泥盆纪末期的生物事件、石炭纪-二叠纪大冰期、二叠纪末生物大灭绝等方面取得了一系列重要成果。