中国科学院南京地质古生物研究所成立以来，积极开拓中国古生物门类研究，建立中国各纪地层对比标准，70年来先后发表科研专著500余册、论文12000余篇，确立全球年代地层界线标准“金钉子”9个（中国共11个，全球最多）。在早期生命演化与寒武纪大爆发、澄江动物群、热河生物群、生物起源-辐射-灭绝与复苏等研究方面取得了一系列原创性的具有国际影响的重要成果。先后3次荣获国家自然科学奖一等奖，6次获得国家自然科学奖/科技进步奖二等奖，9次入选中国基础研究十大新闻/中国科学十大进展，为中国乃至世界地层古生物学的发展做出了重要的贡献。 代表性工作包括：

• 编著《中国标准化石》等学科基础专著
• 组织第一届全国地层会议的全国地层系统总结
• 编著《中国各门类化石》等系列出版物
• 澄江动物群的发现与研究
• 南京汤山葫芦洞直立人头骨化石的发现与研究
• 第二届、第三届全国地层会议资料总结
• 中国获得第一颗地层“金钉子”
• 全球二叠系-三叠系地层划分
• 南北极地层古生物考察
• 《香港古生物和地层》为香港回归祖国献礼
• 依托重大研究项目开展基础前沿研究
• 瓮安生物群系列成果
• 蓝田生物群——最早的宏体生物化石
• 澄江动物群与寒武纪大爆发
• 中生代热河生物群
• 奥陶纪生物大辐射研究
• 中国的乐平统和二叠纪末生物大灭绝研究
• 全球标准层型剖面和点位“金钉子”研究
• 新化石揭示寒武纪大爆发前夕动物的重要演化事件
• 瓮安生物群最古老的原始动物化石研究取得重要进展
• 5亿多年前“麒麟虾”：节肢动物起源的过渡型化石
• 新疆硅化木研究解密最古老树木生长模式
• 内蒙古“植物庞贝城”发现种子植物的姊妹类群
• 中国科学家牵头揭秘古生代海洋生物多样性演化
• 内蒙古新化石为被子植物起源之谜提供关键证据
• 缅甸琥珀研究为蜘蛛起源和演化提供关键证据
• 琥珀菊石解密1亿年前海滨森林生态环境
• 抚顺琥珀研究取得重要进展
• 漳浦生物群：新生代最丰富的热带雨林化石库
• 最新版中国综合地层时间框架正式发布
• 《中国各纪地层及标准化石图集》系列丛书
• 编著门类属志总结等系列专著