为了保证馆际互借与文献传递的可靠、稳定和可持续进行，同时充分体现国家科学数字图书馆和全院文献情报机构公益服务的性质，馆际互借与文献传递服务实行成本收费方式，有关收入严格用于支持该服务的长期运行。中国科学院院内各文献情报机构之间本着平等合作互惠互利的原则实行统一收费标准，收费标准采取分项计费方式。
成本费：（本项收费自2004年起我所减半）
复印：0.5元/页；
激光打印：0.5元/页；
扫描：0.5元/页
代理费：特快专递：22.00元/份（左右）；
平信：3.00元/份（左右）；
挂号：5.00元/份（左右）；
传真：0.50元/页（本地）；
2.00元/页（外埠）；
本地快递：15.00元/份（左右）；
版权费：
加急费：每页资料成本费用翻倍，邮寄费用不变。
结算采用馆际互借中心系统统一结算。所有馆际费用结算都分解为请求馆帐户（以及子帐户）与中心系统、中心系统与出借馆两步计算，中心系统记录并统计费用信息，按季度与各馆进行结算。费用结算方式可采用：预付款、银行转帐、电汇等。各馆授权的子帐户的经费交缴和结算由各馆代为执行。