近年来，通过仪器设备更新和环境改造，南京古生物所实验技术中心建设了以X射线断层成像显微镜、LEO1530VP场发射扫描电子显微镜及能谱仪、LSM710激光共聚焦显微镜等组成的高精度微观观测及成像系统平台，以MAT253、DELTA V稳定同位素比质谱仪系统等为代表的有机和无机碳氧同位素比测定平台，以TSQ Quantum GC气相色谱-质谱议等为代表的地质生物学实验平台，以ICP-MASS质谱仪、ICP-OES光谱仪和激光剥蚀机等为代表的元素地球化学分析平台，以大化石和微体化石预处理实验室等为代表的化石处理平台，以DNA分析与测序系统等为代表的分子古生物学实验平台等，同时在上述平台确立的基础上，整合所内大型仪器设备和相关实验室成立了所级公共技术服务中心，并纳入中国科学院仪器设备管理共享平台所级仪器设备共享管理平台，全面实现仪器设备的信息化管理智能化管理，为国内外提供了一个国际先进的古生物与地层学和前沿科学研究的实验技术支撑平台。
主要资源设备简列如下，详见实验技术中心网址：http://www.etc.ac.cn/
一、 实验室用房
1、 古生物所实验大楼，约60间单元房，使用面积约1000平方米
2、 化石化学处理楼（600平方），约20间单元房，使用面积约300平方米
二、 主要大型仪器设备
1、LEO1530VP扫描电子显微镜（SEM）；
2、X－射线能谱仪（EDS）；
3、X射线断层成像显微镜（Micro-CT）；
4、ABI Prism 310型全自动DNA遗传分析仪；
5、TSQ Quantum GC气相色谱三重四极质谱仪；
6、Thermo－Fisher MAT 253 同位素质谱仪；
7、X-射线断层成像显微镜
三、2011年以来部分新增科研设备（详细介绍见PPT附件）
1、实体显微镜及CCD成像系统（2台）
2、生物显微镜及CCD成像系统（1台）
3、偏光显微镜及CCD成像系统（3台）
4、BK 高分辨率自动成像系统
5、高分辨率数码相机
6、桌面扫描电子显微镜（2台）
7、切片机、磨片机
8、磁选仪
9、盘式振动研磨仪
10、离心机
11、傅里叶红外显微光谱仪
12、同位素质谱仪
13、元素分析仪（2台）
扫描电子显微镜及能谱仪
X射线断层成像显微镜
同位素质谱仪
气相色谱三重四极质谱仪
ICP-MASS质谱仪
DELTA V同位素比质谱仪
LSM710激光共聚焦显微镜
MECATOME自动切片/磨片系统
