近年来，本所主办了十余次各种规模和级别的国际学术会议，其中重要的有：

2005年“第四届国际寒武系大会”（南京）

2006年“第二届国际古生物学大会”（北京）

2007年“第十届国际奥陶系、第三届国际志留系联合大会”（南京）

2007年“第十六届国际石炭－二叠系大会”（南京）

2009年“第十二届国际放射虫会议”（南京）

2010年“第八届国际侏罗系大会”（遂宁）

特别是以“远古生命和现代研究途径”为主题的“第二届国际古生物学大会”规模最大，有来自50多个国家的800余位代表出席大会(外宾近500人)。